Pejabat Timbalan Naib Canselor (Penyelidikan dan Inovasi) bertanggungjawab membantu Timbalan Naib Canselor (Penyelidikan dan Inovasi) dalam menguruskan hal ehwal penyelidikan & inovasi merentasi semua bidang pengajian di UMT. Pejabat ini menyelia, menyelaras dan memantau aktiviti pembangunan penyelidikan, inovasi dan lain-lain perkhidmatan yang berkaitan penyelidikan iaitu :-
Geran Pembangunan Penyelidikan
Pengkomersilan
Pengurusan Harta Intelek
Penerbitan Penyelidikan
Perkhidmatan Sokongan Penyelidikan
Stesen Penyelidikan
Makmal Penyelidikan
Peralatan Penyelidikan
Kapal Penyelidikan & Bot
Pemindahan Teknologi
Lain-lain Inisiatif Penyelidikan.
Selain itu, pejabat ini juga bertanggungjawab dalam memantau pencapaian Petunjuk Prestasi Utama Penyelidikan & Inovasi, mengurus permohonan pasca doktoral, menyelaras pengurusan makmal penyelidikan dan Pegawai Skim C, menguruskan permohonan anugerah penyelidikan dan menerajui akreditasi makmal MS ISO/IEC 17025.
Pusat Tanggungjawab (PTj) yang diselia oleh Pejabat Timbalan Naib Canselor (Penyelidikan & Inovasi) adalah :-
Pejabat Pengurusan Penyelidikan (PPP)
Pusat Perkhidmatan Penyelidikam dan lapangan (PPPL)
Institut Oseanografi & Sekitaran (INOS)
Institut Akuakultur Tropika dan Perikanan (AKUATROP)
Institut Adaptasi Iklim dan Bioteknologi Marin (ICAMB)
Institut Biodiversiti Tropika dan Pembangunan Lestari (BIO-D TROPIKA)