Pejabat Timbalan Naib Canselor (Penyelidikan dan Inovasi) bertanggungjawab membantu Timbalan Naib Canselor (Penyelidikan dan Inovasi) dalam menguruskan hal ehwal penyelidikan & inovasi merentasi semua bidang pengajian di UMT. Pejabat ini menyelia, menyelaras dan memantau aktiviti pembangunan penyelidikan, inovasi dan lain-lain perkhidmatan yang berkaitan penyelidikan iaitu :-

• Geran Pembangunan Penyelidikan
• Pengkomersilan
• Pengurusan Harta Intelek
• Penerbitan Penyelidikan
• Perkhidmatan Sokongan Penyelidikan
  • Stesen Penyelidikan
  • Makmal Penyelidikan
  • Peralatan Penyelidikan
  • Kapal Penyelidikan & Bot
• Pemindahan Teknologi
• Lain-lain Inisiatif Penyelidikan.

Selain itu, pejabat ini juga bertanggungjawab dalam memantau pencapaian Petunjuk Prestasi Utama Penyelidikan & Inovasi, mengurus permohonan pasca doktoral, menyelaras pengurusan makmal penyelidikan dan Pegawai Skim C, menguruskan permohonan anugerah penyelidikan dan menerajui akreditasi makmal MS ISO/IEC 17025.

Pusat Tanggungjawab (PTj) yang diselia oleh Pejabat Timbalan Naib Canselor (Penyelidikan & Inovasi) adalah –

• Pusat Pengurusan Penyelidikan & Inovasi (RMIC)
• Makmal Berpusat
• Institut Oseanografi & Sekitaran (INOS)
• Institut Akuakultur Tropika (AKUATROP)
• Institut Bioteknologi Marin (IMB)
• Institut Penyelidikan Kenyir (IPK)