Pejabat Naib Canselor merupakan pejabat Ketua Pegawai Eksekutif dan Ketua Perkhidmatan dalam UMT iaitu Naib Canselor. Ia berfungsi untuk membantu Naib Canselor dalam melaksanakan segala urusan yang berkaitan dengan tadbir urus universiti bagi memastikan segala perancangan program dan dasar dilaksanakan dengan jayanya bertepatan dengan visi, misi dan objektif strategik UMT. Pada bulan Februari 2013, Naib Canselor telah mewujudkan jawatan Ketua Pentadbiran Canselori untuk mengurus dan mengendalikan operasi pentadbiran dan kewangan Pejabat Naib Canselor serta memantau urusan pentadbiran dan kewangan Canselori secara keseluruhannya.

Pejabat Naib Canselor juga berperanan sebagai Sekretariat Mesyuarat Jawatankuasa Pengurusan Universiti (MPU) UMT. Secara umumnya, MPU akan bersidang sekurang-kurangnya 6 kali setahun untuk membincangkan hal ehwal tadbir urus Universiti.