Universiti Malaysia Terengganu (UMT) bermula dari Pusat Perikanan dan Sains Samudera di bawah payung Universiti Pertanian Malaysia (UPM) (kini dikenali Universiti Putra Malaysia) bertempat di Mengabang Telipot, Kuala Terengganu. Ia mula beroperasi pada tahun 1979 bagi menyediakan kemudahan latihan kepada para pelajar Program Perikanan dan Sains Samudera dan kemudahan penyelidikan kepada pensyarah.
Pada bulan Jun 1996, UPM melalui penstrukturan semula program akademiknya telah menaik taraf Pusat Perikanan dan Sains Samudera kepada kampus cawangan dan Fakulti Perikanan dan Sains Samudera, UPM telah dipindahkan dari Serdang ke Kuala Terengganu dan ditukarkan nama kepada Fakulti Sains Gunaan dan Teknologi (FSGT). Selain itu, Fakulti Sains dan Sastera Ikhtisas (FSSI) serta Pusat Pengajian Matrikulasi turut ditubuhkan di kampus cawangan ini yang dipanggil Universiti Pertanian Malaysia Cawangan Terengganu (UPMT).
Pada 5 Mei 1999, Jemaah Menteri telah meluluskan penubuhan Kolej Universiti Terengganu (KUT) sebagai kampus bersekutu UPM. KUT telah diberi kuasa autonomi pada 1 Mei 2001 dan pada 20 Jun 2001, ia dinamakan Kolej Universiti Sains dan Teknologi Malaysia (KUSTEM) selaras dengan hasrat kerajaan supaya kolej ini menerajui bidang sains dan teknologi.
Pada 1 Februari 2007, Kolej Universiti Sains dan Teknologi Malaysia sekali lagi memahat sejarah dengan penjenamaan semula sebagai Universiti Malaysia Terengganu (UMT) melalui Perintah Universiti Malaysia Terengganu (Perbadanan) [P.U. (A) 27/2007]. Sejak penubuhannya, UMT telah melalui transformasi yang hebat dari sebuah Kolej Universiti yang kurang dikenali kepada Institusi Pengajian Tinggi Awam (IPTA) yang berjaya dengan cemerlang dalam melakar nama di persada dunia terutama dalam bidang penyelidikan ilmu kelautan dan sumber akuatik. Selaras dengan slogan UMT iaitu “Terokaan Seluas Lautan, Demi Kelestarian Sejagat”, kini UMT mempunyai lapan (8) buah Pusat Pengajian yang menawarkan sejumlah 28 program pengajian ijazah sarjana muda dan diploma.
Lokasi UMT yang amat strategik bersempadankan Laut China Selatan membolehkan UMT menjadi sebuah institusi terunggul dalam beberapa bidang pengkhususan seperti penyelidikan dan pemuliharaan penyu, penyelidikan hutan paya bakau, pengurusan dan pemuliharaan biodiversiti, akuakultur tropika dan bioteknologi marin. Faktor lokasi yang strategik ini mendorong kepada pengwujudan bidang-bidang tujahan universiti, iaitu Marine Sciences and Oceanography, Tropical Fisheries and Aquaculture, Coastal and Island Communities, Marine Biotechnology and Biomaterials, Maritime Technology and Management, Lake Ecosystems and Tropical Biodiversity.
Di samping mencapai kegemilangan dalam bidang akademik dan penyelidikan, UMT turut memainkan peranan dalam menunaikan Tanggungjawab Sosial Universiti (USR) kepada masyarakat, khususnya masyarakat sekitar negeri Terengganu melalui program pemindahan teknologi, pemindahan ilmu dan inovasi sosial. Berbekalkan sejumlah ahli akademik dengan pelbagai kebolehan, kakitangan pentadbiran dan sokongan, serta pelajar-pelajar daripada segenap lapisan masyarakat, UMT sentiasa membuka peluang kepada warganya untuk menyampai dan menyebarkan maklumat, ilmu dan kepakaran mereka yang dapat mencetuskan perubahan minda masyarakat. UMT akan terus melangkah maju dan bergerak seiring sesuai dengan wawasan negara demi kemajuan bangsa, agama dan negara.